萤光显微镜其光源可发射特定范围波长，使标本受激发出萤光，呈现高亮度、高衬度的萤光图像，适用于萤光显微术及一般检验，广泛应用于性病检查及病理分析正置与倒置荧光显微镜，从显微镜工作方式来区分的。
正置就是常规的荧光显微镜，物镜在工作台的上方进行观察的方式。落射荧光显微镜与透射荧光显微镜是从照明方式上来区分的，落射荧光显微镜的激发光源是经过物镜照射到样品上的。亦可以称正置荧光显微镜
倒置倒置荧光显微镜主要用于各种类型的细胞观察、细胞培养、荧光实验、活细胞图像处理及分析正置荧光显微镜一般是观察可以放到载波片上看的物体。
